El conjunto del programa docente del máster de Seguridad Alimentaria gira en torno a los tres elementos clave de la seguridad alimentaria: 
La evaluación del riesgo, para conocer y valorar los posibles peligros que comprometen la seguridad alimentaria. 
La gestión del riesgo, para poder tomar las decisiones adecuadas en el tratamiento de los peligros, mediante un análisis de riesgo-beneficio.
La comunicación del riesgo, para tener en cuenta herramientas para acercar la percepción del riesgo al riesgo real y evitar, en lo posible, falsas confianzas o alarmas infundadas en relación con la seguridad alimentaria. 
El plan de estudios se estructura en tres módulos, que tienen un total de seis asignaturas obligatorias y una oferta de doce asignaturas optativas. El plan se completa con un trabajo final de máster, de 15 créditos, que puede prever tareas que se desarrollen en un laboratorio de investigación, en una empresa agroalimentaria o en algún departamento de la Administración.
Para obtener el título de máster, deben cursarse 60 créditos: 30 de los cuales corresponden a asignaturas obligatorias, 15 se escogen de la oferta de asignaturas optativas y los 15 restantes corresponden al trabajo final de máster.