El plan de estudios del MIE presenta una estructura innovadora adaptada al Espacio Europeo de Educación Superior (EEES), en la que se estimula el aprendizaje continuo. Cuenta con un profesorado propio altamente cualificado y con la colaboración de profesores e investigadores de reconocido prestigio nacional e internacional. Está respaldado por la Agencia Vasca de Calidad (UNIQUAL) y una vez superado el Máster, el alumno tiene acceso al programa de doctorado del Dpto. de Economía Aplicada V (Programa de Doctorado de Integración Económica ¿ DIE) distinguido con la mención de calidad del Ministerio de Educación y Ciencia (MEC), en el cual podrá presentar un proyecto de tesis doctoral en un amplio abanico de áreas de investigación, entre las que se encuentran las principales líneas por las que discurre la investigación actual en economía.
Los alumnos también pueden aplicar los conocimientos y habilidades adquiridas, realizando trabajos tutelados por las diversas entidades colaboradoras del Máster.