El Máster surge de la experiencia investigadora desarrollada por el Seminario Permanente de Historia Naval adscrito al Departamento de Historia Moderna, Contemporánea y de América de la Universidad de Murcia.
Los buenos resultados obtenidos por este grupo de investigación hicieron que la Armada española solicitara colaboración para acometer la organización del rico y abundante patrimonio histórico, artístico y documental que custodia, de acuerdo a las nuevas necesidades sociales.
De este modo, desde el año 2005, existe una estrecha relación entre este grupo de investigación y el Archivo Naval de Cartagena, que atesora unos fondos con más de 16 kilómetros de documentos, la mayoría de ellos claves para entender y cubrir espacios historiográficos de la Historia Naval y Marítima española.